Este Departamento apoya y coordina un conjunto de proyectos de investigación, que representan una estrategia de investigación institucional; y que hacen parte un Plan de actividades aprobado por el Consejo de la Facultad. Existen proyectos de investigación «pura» en temas prehistóricos y de arqueología histórica. Los temas abarcan desde la arqueología costera y de las tierras bajas, a temas metodológicos (Arqueología Espacial) y de tecnología lítica y cerámica. Entre los temas de arqueología histórica, puede mencionarse las investigaciones etnohistóricas, y las de arqueología colonial y «misionera». La arqueología sub-acuática es objeto de programa específico.

Un conjunto de actividades de investigación aplicada, tienen que ver con los estudios de «impacto y gestión arqueológica», entre los cuales este Dpto. es líder entre las Universidades de la Región. En efecto, desde 1986 se han desarrollado actividades de «estudio de impacto y rescate arqueológico» en el marco de diferentes convenios (Ministerio de Educación, Intendencia de Montevideo, Gasoducto Buenos Aires/Montevideo) y asesoramientos . Es en relación a este tema que se han impartido diferentes cursos de especialización y posgrado en Tecnologías de Gestión del Patrimonio Arqueológico. Este es el único servicio que genera ingresos extra presupuestales, por motivo de la venta de desarrollo tecnológicos específicos.